در واقع بخش انتهایی انجام پایان نامه فهرست بندی آن است. ترتیب دادن و شماره گذاری مطالب، تصاویر، نقشه ها، جداول و نمودارها برای یافتن سریع تر و دسته بندی آن ها، در فهرست بندی پایان نامه صورت می گیرد. فهرست بندی پایان نامه در بخش ابتدایی پایان نامه و قبل از قرار گیری مطالب قرار داده می شود. این بخش می تواند هم به صورت دستی و هم به شکل اتوماتیک در نرم افزارهای نوشتاری مانند ورد صورت گیرد. فهرست بندی پایان نامه باید به نحوی صورت گیرد که به طور مستقیم خواننده را به مطلب مورد نظر هدایت نماید.